虽然经过建文帝的削藩，此时的朱棣身边已经只剩了八百卫士，他仍然凭借计谋和在北平经营十余年的人气，成功地收服了燕京城中的官员及军队。短短半个月之内，他手中的兵马就增至数万，攻克了通州、怀来、密云、遵化等地。
然而在第二年的四月份，南军大将李景隆会同郭英、吴杰等集合兵将60万众，号称百万，进抵白沟河。朱棣率军十余万迎战于白沟河。战斗打得十分激烈，燕军一度受挫。但南军政令不一，不能乘机扩大战果。
建文三年，朱棣率军出击，先后于滹沱河、夹河、真定等地打败南军。接着，又攻下了顺德、广平、大名等地。战争已经进行了两年的时间，燕军虽屡战屡胜，但南军兵多势盛，攻不胜攻，燕军所克城邑旋得旋失，不能巩固。
建文四年正月，南京宫廷里不满建文帝的太监送来了南京城空虚宜直取的情报。朱棣手下谋士也劝朱棣勿攻城邑，越过山东，以迅速行动直趋金陵，金陵势弱无备，必可成功。于是朱棣决定跃过山东，直捣金陵。朱棣据此决定举兵南下，直指